Un 31 de octubre de 2005, Javier Clemente era presentado como nuevo entrenador del Athletic en sustitución de José Luís Mendilibar que abandonaba el club dejándolo en la última posición de la tabla con 6 puntos en 10 jornadas.
Clemente se hacía de este modo cargo del equipo por 3ª vez en su historia (1981-1986 y 1990-1991) en los que consiguió 2 títulos de Liga, 1 de Copa y una Supercopa.